以宝可梦大师为目标继续旅行的主人公小智和搭档皮卡丘来到了新的冒险舞台“神奥地区”。随后，他们与目标成为顶级协调训练家的小光和她的波加曼邂逅，一同踏上旅程。各种各样的邂逅，了解同伴的重要，在战斗中洋溢炽热的友情，不断成长。