40年前的一片大森林中。一个叫雪成的男孩遇到了被神奇宝贝猎人追捕并受重伤的时拉比，当他们被神奇宝贝猎人追的走投无路的时候，时拉比带着雪成到了40年后，正好小智他们在这森林里，他们救了雪成，雪成告诉了小智他们关于时拉比的事，小智他们救了时拉比，并和他成为了好朋友。与此同时，火箭队的三干部比夏斯也在寻找着并打算捕猎时拉比。比夏斯拥有能将一切神奇宝贝变得凶恶的黑暗球，将时拉比自小智他们的身边夺走。为了拯救被比夏斯捕捉的雪拉比，小智与雪成拼命奋战。可是，温柔的时拉比已经发生了很大的变化…… 激烈的对战中，传说中的神奇宝贝水君出现了！小智他们能否拯救时拉比和森林呢......