《神探狄仁杰 第三部》分为《凉州案-黑衣社》和《邗沟案-漕渠魅影》两个惊险绝伦、触目惊心的故事组成。故事承接第二部，狄仁杰自连破幽州、并州、蛇灵、江州等一系列大案后，几经恳请，终于得武皇允准回老家并州修养。然而就像护卫李元芳所言，这看似颐养天年的平静中却蕴藏着更大的杀机与阴谋。