在队长巴克的带领下，生活在章鱼堡总部基地中，大家的使命就是探险、拯救、保护；只要地球上的小动物遇到了困难、危险，需要帮助的时候，海底小纵队的队员们会团结一心，帮助动物们。队员们依靠先进的舰艇、飞机、道具等一次次化险为夷。