是以海洋作为故事上演的舞台，动画主要讲述了八个可爱小动物组成的海底探险小队的故事。本季小纵队的成员们再次准备出发去解决海底及陆地的险情、排除潜在可能发生的危险。海底小纵队以巴克队长为领导核心，集结了呱唧、皮医生、达西西、章教授、谢灵通、突突兔、小萝卜等团队成员，他们为小动物提供帮助与救援，完成海底小纵队“探险、拯救、保护”的使命。海底小纵队第六季每一集动画都建立在一次探险的基础之上，小队成员发挥自己的特殊本领，克服险境，探索海洋奥妙，发现未知生物。